實驗室廢水處理時一定要按照試驗室實驗操作來進行，過程盡量要簡單、經濟、實用。如果實驗室廢水不能夠得到有效的處理。對環境及人類的健康會產生一定的危害。在化學試驗室中針對廢液處理有如下原則：分類收集、集中處理、定期檢查、定點貯存、安全排放等原則。要避免實驗室各種廢水的污染，首先應該是預防，而不是排除。
1、實驗工作區域的嚴格劃分
各個實驗區域要有明顯的標記（如醒目的門牌或不同地面顏色等），以避免各個不同實驗區域設備物品、試劑等發生混淆。
2、合理的系統設置
合理的空調通風系統設置，盡量采用全送全排的空調系統;嚴格的氣流壓力控制，保證不同的實驗區內不同的壓力要求。
3、規范的操作
臨床基因擴增檢驗實驗室的技術人員必須進行上崗培訓，在實驗操作過程中，操作者必須戴手套，并經常更換。清潔工作及時、正確。實驗工作結束后，必須立即對本區進行清潔。
4、嚴格的管理
嚴格控制進出實驗室的人員，在各個實驗區域使用帶有明顯標注的工作服（如不同顏色），減少在實驗區不必要的走動以減少交叉污染的可能性。特別是擴增產物分析區是最主要的擴增產物污染源，廢水不能在實驗室中傾倒，必須經消毒浸泡后再遠離實驗室的地方統一分類收集后統一處理。
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